Pada tahun 1928 di kota Bogor didirikan pula Nederlands Indische Veartsen School (NIVS, Sekolah Kedokteran Hewan Hindia Belanda). Kemudian pada tahun 1942 NIVS berubah nama menjadi Bogor Jyui Gakko dan setelah kemerdekaan Republik Indonesia berubah menjadi Sekolah Dokter Hewan (SDH).  SDH ini pada tahun 1946 ditingkatkan statusnya menjadi Perguruan Tinggi Kedokteran Hewan (PTKH) yang kemudian sempat ditutup untuk sementara.

Pada tahun 1948 PTKH dibuka kembali menjadi Faculteit voor Diergeneeskunde yang menjadi bagian dari Universitet van Indonesie dan pada tahun 1950 diubah menjadi Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Indonesia (FKH UI).  Pada tahun 1960, FKH UI berubah nama menjadi Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan (FKHP) UI, kemudian pada tahun 1962 kembali menjadi Fakultas Kedokteran Hewan UI, sedangkan peternakan menjadi Fakultas Peternakan dan Perikanan Laut UI.

Pada tanggal 1 September 1963 berdasarkan SK Menteri PTIP nomor 91 tahun 1963  dan selanjutnya disahkan oleh SK Presiden RI nomor 279 tahun 1965, Institut Pertanian Bogor secara resmi berdiri dengan 5 fakultas, yaitu: Fakultas Pertanian (berasal dari Jurusan Pertanian Fakultas Pertanian UI), Fakultas Kehutanan (berasal dari Jurusan Kehutanan Fakultas Pertanian UI), Fakultas Kedokteran Hewan (berasal dari Fakultas Kedokteran Hewan UI), Fakultas Peternakan (berasal dari Fakultas Peternakan dan Perikanan Laut UI), dan Fakultas Perikanan (merupakan gabungan Jurusan Perikanan Darat Fakultas Pertanian dan Jurusan Perikanan Laut Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan  UI). Dari tinjauan histori menunjukkan Fakultas Pertanian dan Fakultas Kedokteran Hewan merupakan dua fakultas yang selanjutnya mengembangkan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Fakultas Peternakan, dan Fakultas Kehutanan. Dari kelima fakultas inilah selanjutnya berkembang fakultas-fakultas lain di IPB yang berkembang lebih kemudian.

Sejak berdiri sampai dengan tahun 2000, FKH IPB menempati kampus utama di  Taman Kencana, serta dua kampus lainnya di Pajajaran dan Cilibende. Di Kampus Taman Kencana terdapat Dekanat, Jurusan Anatomi, Jurusan Ilmu Penyakit Hewan dan Kesmavet, Jurusan Klinik, serta Jurusan Parasitologi dan Patologi. Di Kampus Pajajaran terdapat Jurusan Fisiologi dan Farmakologi, Jurusan Biokimia, sedangkan di Kampus Cilibende terdapat Jurusan Reproduksi dan Kebidanan serta Pusat Studi Satwa Primata.

Kemudian pada tahun 2001 FKH IPB menempati gedung baru di Kampus Dramaga dengan mempertahankan unit klinik hewan tetap di Taman Kencana sebagai perpanjangan tangan dari Rumah Sakit Hewan Pendidikan yang baru dibangun di Kampus Dramaga. Selanjutnya pada tahun 2005, IPB melakukan restrukturisasi melalui proses departemenisasi sehingga beberapa jurusan bergabung menjadi sebuah departemen. Adapun departemen yang terbentuk baru hasil penggabungan ialah: Departemen Anatomi, Fisiologi dan Farmakologi (AFF), Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner (IPH), serta Departemen Klinik, Reproduksi dan Patologi (KRP).